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局势的发展，实在出人意表。第一、常州在李鸿章部下郭松林、刘铭传、周盛波、张树声、李鸿章及常胜军戈登合力猛攻之下，于四月初六十复；接着久守镇江的冯子材进克丹阳。大家都以为这两支军队会师以后，一定乘胜西趋，直扑金陵，为曾国荃助攻。哪知李鸿章尽管朝旨催促，却以伤亡过重，亟须整补为名，按兵不动。这是为左宗棠、胡雪岩所预料到的，李鸿章不愿分曾国荃一心想独到的大功，有意作态。
第二、是“天王”洪秀全忽然下了一道有如梦呓的“诏令”，说“即上天堂，向天父天兄，领到天兵，保固天京”。过了两天，“天王”服毒自尽，实现了他“上天堂”的诺言。接位的是洪秀全的十六岁儿，名叫“洪天贵福”；称号唤做“幼天王”。
消息外传，都知道曾国荃成大功在即，颇有人高吟杜少陵的“青春作伴好还乡”，作乱后重整家园之计。而京里重臣、京外督抚，有良心，肯做事的，亦都在默默打算，曾国荃一下金陵，太平天国十余年的积聚，尽萃于“天王府”，足可用来裁遣将士，恢复地方；固然，金陵所得，必是用于江南及湘军，但应解的协饷，可以不解，就等于增加了本地的收入。象左宗棠就是打着一把如意算盘，认为曾国荃一克金陵，广东便将复成浙江的饷源。他曾跟胡雪岩谈过，到那时候，要专折奏，派他到广东去会办厘捐。胡雪岩口头一诺无辞，其实不当它一回事；在他看来，此事渺茫得很，只是不便扫左宗棠的兴，所以只是唯唯敷衍而已。
在李鸿章所拨借的炮队协攻之下，曾国荃所部在五月底攻占了“龙膊子”，其地在江宁城外东北的钟山之巅，居高临下，俯瞰全城。此地一失，“忠王”李秀成束手无策了。曾国荃用兵，独得一“韧”字；苦苦围困到这般地步，要韧出头了，更不肯丝毫怠慢，下令各营，由四面收束，直往里逼，逼近城下，昼夜猛攻。而真正的作用是，借无时或已的炮声，遮掩他掘地道的声响。
金陵围了两年，曾国荃从朝阳门到钟阜门，挖过三下多处地道，有时是“落磐”，挖地道的士兵随死随埋，丛葬其中；有时是为长毛所发觉，烟熏水浇，死者论百计。有一次快成功了，地道内的士兵，忽然发现一枝长矛刺了下来；其实是长毛行军休息，随意将矛一插，而官军轻躁没脑筋，使劲将那枝矛往下拉，长毛始而大骇，继而大喜，掘地痛击，功败垂成，死了四百人之多；都是朱洪章的部下。
朱洪章是贵州人，也是曾国荃部下高级将领中，唯一的非湖南人。因为孤立其间，不能不格外卖力，免得遭受排挤。曾国荃亦很看重他，一直保到提督衔记名总兵，派他经理营务处。此时再挖地道，由他与记名提督河南归德镇总兵李臣典共同负责。
从六月初八开始，日夜不停，挖了七天才挖成，填塞炸药，可以作最后的攻击了。曾国荃问部下诸将：哪一营“头敌”；哪一营“二敌”？
诸将默无一言。便按官职大小，个别征询。官阶最高的是萧孚泗，已经补上福建陆路提督，他依旧沉默；便只好问李臣典了。
李臣典倒愿打头阵，但要朱洪章拨一两千精兵给他。朱洪章表示：“既然如此，不如我来当头。”事情便这样定局，还立了军令状，畏缩不前者斩！
六月十六日正午，由朱洪章下令施放炸药。地道中的炸药有三万斤之多，进口之处用巨石封固；另外以极粗的毛竹伸入地道，内用粗布包炸药填塞，作为引线；引线点燃以后，但闻地底隐隐如雷声，却不爆发，天空中的骄阳，流水烁金一般，炸药决无不燃之理；万千将士挥汗屏息，等得焦灼不堪。这样过了一个钟头之久，地底连那隐隐雷声都消失了。
过去亦常有不能引发炸药的事情；这一次看起来又是陡劳无功。各营将士，无不失望，正准备先撤退一批部队，分班休息时；突然间，霹雳之声大作，仿佛天崩地裂似的。太平门的一段城墙，约有二十多丈长，随烟直上，耸得老高，成为闻所未闻的奇观。
这有个说法。明太祖建都南京，洪武二年始建都城，征发大量民夫，花了四年功夫，方始完工，周围六十一里，不但比北平城周四十余里、西安城周二十四里都大；而且亦是世界第一大城。
南京城不但大，而且高，平均都在四十尺以上。大与高之外，最大的特色是坚，城以花岗石为基，特为烧制的巨砖为墙；砖与砖之间，用石灰泡糯米浆水砌合。全城告成，再以石灰泡糯米浆水涂敷，所以在城外随便指一处敲击，都会显出白印。五百年来刀枪不入，水火不侵的城墙，毕竟还敌不过西洋的炸药；只是被炸以后，砖砖相砌，过于坚牢，所以才会造成二十余丈长的整段城墙，飞入空中的奇观。后来知道，这段城墙飞出一里多外，裂成数段落地，打死了数百人之多。
在当时，朱洪章奋身向前，左手执旗，右手操刀，大呼上城。于是九门皆破，有所谓“先登九将”，除朱洪章、李臣典、萧孚泗以外，还有记名总兵武明良、熊登、伍维寿、提督张诗日、记名按察使刘连捷、记名道员彭毓橘。捷报到京，自然要大赏功臣。据说文宗在日，曾有诺言：平洪杨者封王。但清朝自三藩之后，异姓不王；甚至封公爵的亦没有。因此，亲贵中颇有人反对实现文宗的诺言；形成难题。最后是慈安太后出了个主意，将一个王爵，析而为四，曾国藩功劳最大，封侯；其是曾国荃，封伯；接下来是一个子爵、一个男爵，封了李臣典和萧孚泗。
朝旨一下，朱洪章大为不服。论破城当日之功。他实在应该第一，首先登城，生擒伪勇王洪仁达，占领“天王府”。而曾国荃奏报叙功时，却以李臣典居首；据说，当朱洪章占领“天王府”，看守到黄昏时分，李臣典领兵驰到，自道“奏九帅之命接防”。于是“天王府”归李臣典的控制，看守到第二天上午八点钟，光天化日之下，“天王府”无缘无故起火，烧得精光。事后曾国荃奏报，搜索“天王府”，除了一颗伪玺以外，什么都没有了。
李臣典叙功居首的奥妙是如此！朱洪章在“先登九将”中甚至不如孚泗还落得一个五等爵末位的“一等男”；他所得的恩典，是“无论提督总兵缺出，尽先提奏；并赏穿黄马褂，赏给骑都尉世职”，虽亦不薄，但名列第三，太受委屈。
一口气咽不下，朱洪章去找“九帅”理论。曾国荃大概早有防备，应付之道甚绝，他说：“我亦认为你应居首功。但叙功的奏折，是由我老兄拜发；听说是他的幕友李某捣鬼。”说着，从靴页子里拔出一把雪亮的雪子，倒持着递向朱洪章，“你去宰了那个姓李的。”
朱洪章为之啼笑皆非。但李臣典亦如黄梁一梦，锡爵之恩；黄马褂、双眼花翎之荣，竟不克亲承宠命；恩旨到时，已经一命呜呼。据曾国荃奏报，说他攻城时，“伤及腰穴，气脉阻滞”，因而于七月初二日不治出缺。却又有人说，李臣典死在“牡丹花下”——破城之日，玉帛子女，任所取携；李臣典一夜之间，御十数女子，溽暑不谨，得了“夹阴伤寒”，一命呜呼！当然，这是私下的传说；反正死因如出于床第之间，真相是再也不能水落石出的。
萧孚泗的封男爵，亦有一段故事。
当城破无可为计时，李秀成在乱军中带着一个亲信书僮，出通济门往东南方向逃走；目的是越过茅山，经溧阳、长兴到湖州，与由杭州遁走的长毛会合。
走到一处叫方山的地方，撞见八个樵夫，其中有人认识他，却确不定，便冒叫一声：“忠王！”
李秀成一看行藏被人识破，便长跪相求：“哪位领路带我到湖州，我送三万银子酬谢。”
说着，他与他的书僮都将袖子抹了上去；但见四条手臂上，戴满了金镯子；另外有一匹马，驮着一只箱子，看上去并不大，可是压得马的腰都弯了，可以想见其中装的是金银珠宝。这八个樵夫见此光景，大起贪心，一方面想侵吞李秀成的钱财，一方面还想报功领赏。于是这八个人将李秀成主仆骗入山下的“涧西村”，公推一个姓陶的去向官军报信；目的地是驻扎太平门外的李臣典营中，因为姓陶的有个同族弟兄是李臣典的部下，托他转报，比较妥当。
姓陶的经过钟山，又饥又渴；想起这里是萧孚泗的防区，营中有个伙夫，因为供应柴草的关系而熟识，不妨到他那里歇脚求食。
姓陶的得意忘形，休息闲谈之间，透露了生擒李秀成的经过。这个伙夫便转告亲兵；亲兵转报萧孚泗，姓陶的便注定要做枉死鬼了。
一番密密嘱咐，将姓陶的好酒好肉款待；萧孚泗自携亲兵二十多人，烈日下疾驰到涧西村，将李秀成手到擒来；价值十余万银子的金银珠宝，亦归掌握。姓陶的被一刀斩讫，借以灭口；不过萧孚泗总算还有良心，没有杀那个伙夫，给了他五颗上好的珠子，一匹好马，暗示他连夜“开小差”，走得越远越好。
萧孚泗的得封男爵，就以生擒李秀成之功。曾国荃到后来才知道真相，吩咐赏那八家樵夫，每家一百两银子。结果为亲兵吞没大半，只拿出去一个“大元宝”——五十两银子，由八家均分。
如果李秀成真是为萧孚泗凭一己之力所生擒，这份功劳，就真值得一个男爵了。因为“天京”虽破，“幼天王”未获，只说已死在乱军之中，对朝廷似难交代。幸好有个李秀成，论实际，其人之重要又过于“幼天王”，足可弥补元凶下落不明之失。
其时曾国藩已由安庆专船到江宁，抚循将士，赈济百姓以外，另一件大事，就是处置李秀成，委派道员庞际云、知府李鸿裔会审，这李鸿裔，就是曾国荃向朱洪章所说“捣鬼”的“李某”。
从六月廿七到七月初六，十天的功夫，审问的时间少，李秀成在囚笼写“亲供”的时候多；每天约写七千字，总计约七、八万言。却为曾国藩大删大改、所存不过三分之一；方始奏报。其中谈到城破后，洪秀全两个儿子的下落，说是“独带幼主一人，幼主无好马，将我战马交与骑坐。”“三更之后，舍死领头冲锋，带幼主冲由九帅攻倒城墙缺口而出。君臣数百人，舍命冲出关外，所过营塞，叠叠层层、壕满垒固。幼主出到城外，九帅营中，营营炮发，处处喊声不绝；我与幼主两个分离，九帅之兵，马步追赶，此时虽出，生死未知。十六岁幼童，自幼至长，并未骑过马，又未受过惊慌，九帅四方兵进，定然被杀矣，若九帅马步在路中杀死，亦未悉其是幼主，一个小童，何人知也？”
这段供词，与曾国藩奏报“幼逆已死于乱军之中”，有桴鼓相应之妙；不道弄巧成拙，反显删改之迹——“幼天王”未死，逃到湖州了。
在曾国藩封侯的同时，又有恩旨赏赉东南各路统兵大帅及封疆大臣；亲王僧格林沁，加赏一贝勒；湖广总督官文，赐封一等伯爵，世袭罔替；江苏巡抚李鸿章一等伯爵；陕甘总督杨岳斌、兵部右侍郎彭玉麟赏给一等轻车都尉世职，并赏加太子少保衔；四川总督骆秉章、浙江提督鲍超，一等轻车都尉世职；西安将军都兴阿、江宁将军富明阿、广西提督冯子材、均赏给骑都尉世职。
东南大员，向隅的只有左宗棠和江西巡抚沈葆桢，上谕中特为交代：“俟浙赣肃清后再行加恩。”这虽是激励之意，但相形之下，未免难堪；尤其是李鸿章封爵，使得左宗棠更不服气。往深一层去想，曾国藩节制五省军务，江西、浙江亦在其列；这两省既未肃清，就是曾国藩责任未了，何以独蒙上赏？
再有一件事，使左宗棠气恼的是，江宁溃败的长毛，只有往东南一路可逃；因而湖州一带，本来打得很顺利的，忽然增加了沉重的压力。如果事先密商，曾国荃定于何时破城，进兵围剿的策略如何？都能让左宗宗知道，先期派兵填塞缺口，伏路拦截，又何致于让溃败的长毛，如山倒堤崩般涌过来？然则曾军只顾自己争功，竟是“以邻为壑”了！
朝中当国的恭王，以及上获信任，下受尊重，确能公忠体国，为旗中贤者的军机大臣文祥，却不知东南将帅之间，存着如此深刻的矛盾；紧接着大赏功臣的恩诏之下，又有一道督责极严的上谕，让左宗棠看了，更不舒服。
上谕中说：“江宁克复，群丑就歼，无逸出之贼”，这几句话，便使左宗棠疑心，曾氏弟兄奏报克复江宁的战功，不知如何铺张扬厉，夸大其词？因此对于后面：“着李鸿章将王永胜等军，调长兴，协防湖郡；左宗棠当督率各军，会合苏师，迅将湖州、安吉之贼，全行殄灭，克复坚城，勿令一贼上窜”的要求，越起反感。
“你看，”他对胡雪岩说：“曾氏兄弟，不但自己邀功，还断了别人的建功之路。照字里看，大功已经告成，浙江可以指日肃清；湖州长毛如毛，攻起来格外吃力，即使拼命拿下来，也讨不了好。因为有曾氏兄弟先人之言，说江宁的‘群丑就歼，无逸出之贼’；朝廷一定以为我们虚报军功。你想，可恨不可恨？”
胡雪岩当然只有劝慰，但泛泛其词，不能发生作用；而谍报一个接一个，尽是长毛的某“王”、某“王”，由皖南广德，窜入浙江境界，越过天目山，直奔湖州的消息。最后来了一个消息，是难民之中传出来的；飞报到杭州，左宗棠一看，兴奋非凡。
这个报告中说：“幼天王”洪福真，在江宁城破以后，由“干王”洪仁干、“养王”吉庆元、“誉王”李瑞生、“扬王”李明成“保驾”，六月廿一那天，到达广德；然后由守湖州的“堵王”黄文金，在五天以后亲迎入湖州城内，并且已得知“忠王”李秀成为官军所获的消息，所以改封洪仁干为“正军师”。
这一下，左宗棠认为可以要曾氏弟兄的好看了；当即嘱咐幕友草拟奏稿，打算飞骑入奏，拆穿曾国藩所报“幼逆已死于乱军”中的谎言。而正当意气洋洋，解颜大笑之际；胡雪岩正好到达行辕，听得这个消息，不能不扫左宗棠的兴，劝他一劝。
“大人，这个奏折，是不是可以缓一缓？”
“何缓之有？元凶行藏已露，何敢匿而不报？”左宗棠振振有词地说。
胡雪岩知道用将帅互讦，非国家之福的话相劝，是他听不入耳的，因而动以利害，“我们杭州人有句俗语，叫做‘自扳石头自压脚’，大人，你这块石头扳不得！”他说，“扳得不好，会打破头。”
“这是怎么说？”
“大人请想，这样一奏，朝廷当然高兴，说是‘很好！你务必拿幼逆抓来；无论如何，不准漏网。抓到了，封你的侯。’大人抓不到呢？”
“啊，啊！”左宗棠恍然大悟，“抓不到，变成元凶从我手中漏网了！”
胡雪岩是有意不再往下说。象左宗棠这样的聪明人，固然一点就透，无烦词费；最主要的，还是他另有一种看法使然。
他这一次上海之行，听到许多有关曾氏兄弟和李鸿章的近况，皆由曾、李的幕友或亲信所透露。有许多札中的话，照常理而论，是不容第三人入耳的，而居然亦外泄了！这当然是曾李本人毫无顾忌，说与左右，深沉的只为知者道：浅薄的自诩接近大僚，消息灵通，加枝添叶，说得活龙活现，无端生出多少是非，也没来由地伤害了好些人的关系，因为如此，胡雪岩对左宗棠便有了戒心。
他在想，这位“大人”的大没遮拦，也是出了名的。如果自己为他设计，离间曾李之间的感情；说不定有一天，左宗棠会亲口告诉别人如何如何。这岂非“治一经、损一经”；无缘无故得罪了曾、李，就太犯不着了！
而左宗棠有他这句话，已经足够。当时很高兴地，一叠连声地说：“吾知之矣！吾知之矣！”
这样的回答，在胡雪岩却又不甚满意；他希望左宗棠有个具体的打算说出来，才好秉承宗旨，襄助办事。因而追问一句：“大人是不是觉得愚见还有可采之处？”“什么愚见？你的见解太高明了！”左宗棠沉吟着说道：“不过，在我到底不是翻手为云覆手为雨的人；而况李少荃一向为我——。”
他也没有再说下去，只是知道他平日言论的人，都能猜想得到，李鸿章一向为他所藐视。如今与他修好，仿佛有求于人似的，未免心有不甘。胡雪岩认为从正面设词规劝，与在私底下说人短处不同，即令密语外泄，亦是“台面上”摆得出去的话，并无碍于自己的名声，因而决定下一番说词，促成左、李的合作。
“大人，”他有意问道：“如今唯一的急务是什么？”“你是指公事，还是指我自己的事？”
“公事也是如此，大人的私事也是如此。一而二，二而一，无大不大的一件大事是什么？”
“自在是肃清全浙。”
“是，肃清全浙只剩一处障碍；就是湖州。拿湖州攻了下来，就可奏报肃清。那时候，大人也要封侯拜相了。”“拜相还早，封侯亦不足为奇。果然膺此分茅之赏，我是要力辞的。”
胡雪岩不知道他这话是有感而发，还是故作矫情，反正不必与他争辩，惟有顺着他的语气想话来说，才能打动他的心。
“大人这一首高！”他着大拇指说：“封侯不希罕，见得富贵于我如浮云，比曾相、李中丞都高一等了。不过，朝廷如无恩命，大人又怎能显得出高人一等的人品？”“这话倒也是。”左宗棠深深点头。
左宗棠终于松了口，胡雪岩也就松了口气。至于如何与李鸿章合作？就不用他费心了；一切形势，左宗棠看得很清楚，而且谈用兵，亦不是他所能置喙的。他只提醒左宗棠一点，会攻江宁，李鸿章忤了朝旨；目前急图补救，所以即使左宗棠不愿与他合作，他自己亦会派兵进窥湖州，表示遵从朝廷所一再揭示的，“疆臣办贼，决不可有轸域之分”的要求。左宗棠亦实在需要李鸿章的支援。
第一是兵力。湖州已成为东南长毛的逋光薮，残兵败将交集结在一起，人数超过左军好几倍。而且逼得急，会作困兽之斗，决不可轻视。
第二是地形。湖州四周，港汊纵横，处处可以设仗邀击，本是易守难攻之地；当年赵景贤孤城坚持，因势制宜，将地形的利用，发挥到了极致。如今长毛守湖州的主将黄文金，亦非弱者；且假“幼主”洪福真的名号以行，指挥容易。而且湖州所贮存的粮食，据报可以支持一年，这又比赵景贤当时的处境好得多了。
这进取湖州的两大障碍，都不是左宗棠独力所能克服的；而亦惟有李鸿章可以帮助他克服这两大障碍。论兵力，有苏军的协力，才可以完成对湖州的包围——当然不是象曾国荃攻金陵那样的四面包围。如果采取这样的方略，即使兵力部署上能够做得到，亦是不智之举；从古以来，围城往往网开一面，因为不放敌人一条生路，必然作生死的搏斗，就算能够尽歼敌人，自己这方面的伤亡，亦一定是惨重无比。反过来看，留下一个纵敌的缺口，正可以激起敌军的恋生之念，瓦解他的斗志。而况在预先安排好的敌人逃生路上，可以处处设伏，反为得计。
论地形，湖州外围的第一要隘是北面出太湖的大钱口；当年赵景贤雪夜失大钱，导致湖州的不守。以今视昔，情势不殊，要破湖州须先夺大钱；而夺大钱，苏军渡太湖南下，比左军迂道而北要方便得多。同时最大的关键是，攻大钱必须要用水师，而这又是左军之所短，苏军之所长。
李鸿章当然要用他之所长，尽力有所作为，既以弥补常州顿兵之咎；亦以无负锡封爵位之恩。左宗棠自与胡雪岩深谈以后，默默打算；自己这方面地利、人和都不及李鸿章，如果不能大包大揽，放下诺言，限期独力攻克湖州，就不能禁止李鸿章驰驱前路，自北面攻湖州。两军不能合作，便成争功的局面；李鸿章争不过无所谓，自己争不过，让李鸿章喧宾夺主，那就一世英名付之流水了。
他想来想去，因人成事，利用李鸿章相助，是为上策。自己只要尽到了地主的道理，客军不能不处处情让，即使苏军先攻入湖州，李鸿章亦总不好意思，径自出奏。只要光复湖州的捷报由自己手中发出，铺叙战功，便可以操纵了。
打定了主意，暂且做一个能屈能伸的大丈夫；左宗棠亲自提笔，写了一封极恳切的信给李鸿章，在商略扫荡东南余孽的策略中，透露出求援之意。李鸿章亦很漂亮，答应将他部下的“郭刘潘杨四军”，全数投入湖州战场。郭刘潘杨——郭松林、刘铭传、潘鼎新、杨鼎勋四军，是淮军的中坚；其实李鸿章投入湖州战场，还不止这四军，另有以翰林从军的刘秉璋，与曾国藩小同乡、江南提督黄翼升的水师，亦奉委派，分道助攻。朱鸿章的心思与左宗棠大致相同，有意大张声势，将进攻湖州一役，看得不下如金陵之复，一方面象押宝似的，希望能俘获“幼逆”，掘得“金穴”；一方面亦是有心扫扫曾军的兴头。
在湖州的长毛，号称二十万，至少亦有六折之数；左李两方，正规军合起来不下八万，加上随军的文员、夫役，总数亦在十万以上。彼此旗鼓相当，发生恶战是意中之事；但胜负已如前定，而且长毛败退的情况，大致亦在估计之中。因为由于地形的限制，进取的方向，只能顺势而行。左宗棠所部由湖州东南、西南两方面进逼；苏军则由东北、西北分攻，并从正北进扼大钱口，以防长毛窜入太湖。湖州的东面，是东南最富庶的地区，有重兵防守，而且东到海滨，并无出路；在湖州的长毛，唯一的出路，只是向西，如能冲过广德，则江西有李世贤、汪海洋，都是长毛中有名的悍将，能会合在一起，或者还有苟延残喘的可能。
战场如棋局，不但敌我之间，尔虞我诈；就是联手的一方，亦在钩心斗角——李鸿章毕竟还是下了一着专为自己打算的棋，将刘铭传的二十营，陆续拔队，指向浙皖之交；名为进攻广德，断贼归路，其实是想拦截黄文金，俘“幼逆”，夺辎重。
湖州终于在七月二十六克复了。
如事先所估计的，黄文金果然开湖州西门遁走。大队长毛分三路西窜，到了广德，又分两路，一路向皖南；一路是由黄文金带着“幼逆”，由宁国过西天目山，经开化、玉山窜入江西境内。刘铭传穷追不舍；其他各军为了争功，亦无不奋勇当先，连追五日五夜，长毛溃不成军，黄文金死在乱军之中了。
但是洪福真却还是下落不明；比较可靠的传说是由江西南下，打算与窜至广东、福建边境的李世贤、汪海洋会合。然后西趋湖北；与“扶王”陈德才联结，自荆襄西入陕西，在关中另起一个局面。这当然是一把如意算盘。但即令打不成功，这样窜来窜去，如与安徽、河南的捻匪合流亦是大可忧之事。因此，朝廷对两次三番，穷追猛打，而竟未能促住“幼逆”，置之于法，深为恼火。
更恼火的是左宗棠。“全浙肃清”的折子已经拜发，而洪福真未获，就不能算克竟全功，一时还难望分茅之赏。
辨明了“十万”之说；再论纠参部下的责任，言语晚为犀利：“至云杭城全数出窜，未闻纠参，尤不可解。金陵早已合围，而杭州则并未能合围也；金陵报“杀贼净尽”，杭州报‘首逆实已窜出’也！”仅是这两句话，便如老吏断狱，判定曾国荃有不容贼众逸出的责任，而曾国藩有谎报军情的罪过。但在结尾上，却又笔锋一转，故弄狡猾：‘臣因军事最尚质实，故不得不辩。至此后公事，均仍和衷商办，臣断不敢稍存意见，自重衍尤。”这段话是所谓“绵里针”，看来戒慎谦和；其实棱角森然，句句暗隐着指责曾国藩的意思在内。
这通奏折发出，不过半个月便有了回音。由恭王出面的“廷寄”，措词异常婉转，不说一时还不能封左宗棠的爵，却说“左宗棠自入浙以来，克复城隘数十处，肃清全境，厥功甚伟。本欲即加懋赏，恐该督以洪幼逆未灭，必将固辞；一俟余孽净尽，即降恩旨。”是很明显地暗示，左宗棠封爵，不过迟早间事。
关于他与曾国藩的争辩，亦有温愉：“朝廷有功诸臣，不欲苛求细故。该督于洪幼逆之入浙，则据实入告；于其出境则派兵跟追，均属正办。所称此后公事仍与曾国潘和衷商办，不敢稍存意见，尤得大臣之体。深堪嘉尚。朝廷所望于该督者，至大且远；该督其益加勉励，为一代名臣，以副厚望。”上谕中虽未责备曾国藩，但是非好恶，已表现得很清楚。而许左宗棠以“一代名臣”，更是上谕中难得一见的字样。总之这一场御裁的笔墨官司，左宗棠占尽上风；而与曾国藩的怨，自然也结得更深了。
曾左结怨，形诸表面的，是口舌之争；暗中拼命抵拒的，是地盘之争。而又象在夹缝中受挤，又象首当其冲的是曾国荃。
曾国荃的本职是浙江巡抚。用失之时，为了鼓励将帅，不按建制任职；此省大员在他省领兵，事所常有。但战事告一段落，情形就不一样了。
照常理而论，曾国荃即令破江宁以后有过失，到底百战功高；应该让他赴浙江巡抚本任，才是正办。无奈左宗棠以闽浙总督兼署浙巡，绝无退让之意。而曾国藩为曾国荃告病，虽由于忧谗畏讥，以急流勇退作明哲保身之计；其实亦是看透了老弟有“妾身不分明”的隐衷，估量他决不能到任，不如自己知趣。
在朝廷却又能左右为难之苦。一方面东南军务地穴于湖州克复、全浙肃清，不能不敷衍左宗棠的面子；一方面却又觉得真个让簇新的一位伯爵，解甲归田，不是待功臣之道。因此，对于曾国荃告病，一直采拖延着不作明确的处置；希望曾左之间，能够消释嫌怨，言归于好，由左宗棠出面奏请交卸篆，饬令曾国荃到任。
这是个不能实现的奢望。朝廷看看拖着不是回事，决定成全曾国藩的心愿，许曾国荃辞职。可是空出来的浙江巡抚这个缺，由谁替补？却颇费斟酌。
朝廷也知道左宗棠的意思，最好是让蒋益澧由藩司升任，而浙江藩司一缺，则由左宗棠保荐。无奈蒋益澧的资望还浅；并且这样处置，在曾国藩的面子上太难看。朝廷调和将帅，决不肯轻易予人以偏袒某人的印象，所以左宗棠的意愿是不考虑的了。
要考虑的是：第一、新任浙江巡抚确需清廉练达的干才，因为洪杨所蹂躏的各省，浙江被祸最惨；善后事宜亦最难办，非清廉干练，不足以胜任。第二、此人要与左宗棠没有什么恩怨；而又能为曾国藩，甚至李鸿章所支持，然后浙江的善后事宜，才能取得邻省的援助。第三、大乱已平，偃武修文；浙江巡抚是洪杨平后委派的第一员封疆大吏，也是恢复文治的开始，所以此人最好科甲出身。如果有过战功，更为理想。结果选中了一个很理想的人。此人名叫马新贻，字谷山；先世是回回，从明太祖打天下有功，派在山东卫所当武官，定居曹州府荷泽县，已历四百余年之久，因此，马新贻除了信回教以外，彻头彻尾是个山东土著。
在马新贻的新命传至浙江的同时；江西来了一个重要而有趣的消息，“幼逆”洪福真终于落网了。
收束平洪杨的军务，却还有相当艰巨的戡乱大任，需要部署。
恭王、文祥的计议，犹有三处叛乱要平服，才能臻于太平盛世。这三处叛乱是：第一、南窜的洪杨余孽；第二是扰乱中原的捻匪；第三是荼毒生灵、为患西陲的回乱。
幸好人才旺盛，冠绝前朝；恭王与文祥决定托付四个人去平这三处的叛乱。
第一个仍然是曾国藩。在十月初一曾国荃功成身退，率领裁撤的湘军回湖南的同时，朝中有一道廷寄递到江宁，说“江宁已臻底平，军务业经藏事，即着曾国藩酌带所部，前赴皖鄂交界，督兵剿贼，务期迅速前进，勿少延缓。”这所谓“贼”，便是捻匪。
捻匪原以皖北为老巢，自经僧王全力攻剿，流窜到湖北、河南一带。张洛行虽死，他的侄子张总愚亦非弱者；加以陈玉成的旧部赖文光由关中回窜，因为“天京”已破，成了丧家之犬，自然而然地与捻匪合流，大为猖獗。朝廷深知僧王的马队，追奔逐北，将捻匪撵来撵去的打法，并非善策；一旦疲于奔命，为捻匪反扑，非大败不可。同时，又因为僧王的身分尊贵，连西宫太后都不能不格外优容，是位极难伺候的王爷，指授方略，则“将在外君命有所不受”；稍加督责又怕惹恼了他，索性独断独行。因此，倒不如设法让他交卸军权，回京享福，才是公私两便之计。
能代僧王指挥数省的，只有一个曾国藩。不仅威望足够；而且他那“先求稳当，次求变化”，以静制静，稳扎稳打的作风，亦正可救僧王之失。至于筹饷之责，朝廷也想到了一个必不可少的人。
这个人就是李鸿章。上谕派他接替曾国藩，暂署两江总督；江苏巡抚则调慈禧太后的恩人，漕运总督吴棠署理。上谕中虽未明言，曾国藩带兵驻扎皖鄂交界，从路粮台由李鸿章负其全责；可是这样部署的用意是很明白的，第一，曾、李师生，“有事弟子服其劳”，天经地义；第二，李鸿章带兵，曾国藩替他筹过饷，如今曾国藩带兵，自然该李鸿章筹饷；第三，两江最富，是海内最主要的一处饷源，所以谁当两江总督，都有筹饷的责任。
这样的安排，就大局而言，不能算错；只是委屈了曾国藩，便宜了李鸿章与吴棠，可也就顾不得那么许多了。
再有一个是杨岳斌。他是与彭玉麟齐名的水师名将，本名杨载福；因为同治皇帝这一辈，玉牒谱系上第一字为“载”，不免有犯讳的不便，所以改名岳斌。当江宁未克复以前，他已升任陕甘总督；打算赋以敉平回乱的重任。回乱不仅生于陕甘；也生于云南与新疆。云南将次平服，而新疆方兴未艾；朝廷寄望于新封子爵的鲍超，特降温旨，认为新疆平乱，“非得勇略出群如鲍超者，前往剿办，恐难壁垒一新”，所以命曾国藩传旨鲍超，在他回籍葬亲的两月假期一满，“即行由川起程，出关剿办回乱。”恭王和文祥知道鲍超好名，特地拿乾嘉名将杨遇春，与他相提并论，很灌了一番米汤。上谕中说：“从前回疆用兵，杨遇春即系川省土著，立功边域，彪炳旅常。鲍超务当督率诸国，肃清西陲，威扬万里，以与前贤后先辉映。该提督忠勇性成，接奉此旨，必即遵行，以逼朝廷委任。”话说得很诚挚，而命曾国藩传旨，亦有暗示他帮着催劝之意。无奈曾国藩对湘军的急流勇退，明哲保身，早有定算；鲍超是他的爱将，当然要加意保全，所以只是照例传旨，并不劝驾。
再有一个朝廷寄以重望的，便是左宗棠。他是现任的闽浙总督，由江西瑞金为鲍超所败，而窜入福建境内的李世贤、汪海洋两大股，顺理成章地该由他负责清剿。
